Başkent Üniversitesi, sağlık ve eğitim alanındaki faaliyetlerini kuruluşundan bu yana uluslararası kalite standartları doğrultusunda sürdürmektedir. 1998 tarihinde ISO kalite belgesini alarak Türkiye'de bu alanda öncü vakıf üniversitelerinden biri olmuştur. Kalite yönetim sistemi, güncel uluslararası standartlara uygun olarak sürekli geliştirilmekte ve "TS EN ISO 9001:2015 Kalite Yönetim Sistemi" standardı kapsamında uygulanmaktadır.

Kalite güvencesi alanındaki güçlü kurumsal yapısının bir göstergesi olarak, Başkent Üniversitesi, Yüksek Öğretim Kalite Kurulu (YÖKAK) tarafından yapılan değerlendirme sonucunda 27 Nisan 2022 tarihinde 5 yıllık tam kurumsal akreditasyon almaya hak kazanmıştır. Ayrıca, üniversitemiz bünyesindeki fakülte programlarına ait 37 akreditasyon bulunmaktadır.